A RHK Kft. megalakulását követően szinte azonnal megkezdte a telephely biztonságának növelésére és korszerűsítésére irányuló fejlesztéseket. Ez utóbbi alapvető célja a létesítmény műszaki állapotának és üzemeltetési feltételeinek javítása.

A munka a hulladéktároló biztonságának teljes körű értékelésével kezdődött. A szükséges adatgyűjtést követően 2000–2001-ben két biztonsági elemzés készült. Az elemzések arra keresték a választ, hogy milyen javító intézkedések végrehajtása garantálja a hosszú távú biztonságot. A 2002-ben elvégzett pontosított biztonsági elemzés megerősítette a korábbi értékeléseket, és ennek ismeretében kimondható, hogy az RHFT üzemeltetése és a környezet biztonsága az intézményes ellenőrzési időszak végéig megfelelően garantált.

A pontosított biztonsági elemzés alapján határoztuk meg azokat a tennivalókat, amik a létesítmény hosszú távú biztonságának biztosításához szükségesek, és ennek alapján készült az Alappal rendelkező miniszter által 2002. augusztus 29-én jóváhagyott „A püspökszilágyi RHFT biztonságnövelő programja – 2002–2005” című dokumentum is. Ennek keretében a munkálatok az üzemeltetési engedély megszerzésére, a biztonságnövelő intézkedések előkészítésére és megkezdésére irányultak. A biztonságnövelő intézkedések sikeres végrehajtása hozzájárul további hulladék-elhelyezési kapacitások biztosításához is. Ez utóbbira azért van szükség, hogy a tervezett további 40-50 évi üzemeltetés zavartalanul folytatódhasson.

A telephely folyamatos korszerűsítésén túl, az RHFT területén belül az üzemi épület átalakításával megteremtettük a hosszú élettartamú, ill. nukleáris anyagot tartalmazó elhasznált sugárforrások és hulladékok hosszú idejű, biztonságos, központosított átmeneti tárolásának feltételeit, beleértve a vonatkozó engedélyek megszerzését is. Az átalakítást követően kialakított mintegy 200 m3-nyi tárolási kapacitás eredményeképpen az előre nem látható, hirtelen jelentkező átmeneti tárolási igények is kielégíthetők (puffer kapacitás).

Az üzemeltetési engedély megszerzéséhez a sugárvédelmi feltételeket és a telep fizikai állapotát kellett javítani. Elkészült és bevezették a hulladék-átvételi kritériumokat. A fentiek és az itt fel nem sorolt rekonstrukciós munkák eredményei alapján az illetékes hatóság az üzemeltetési engedélyt megadta, az új engedély 2015. február 28-ig érvényes. A biztonságnövelő intézkedések előkészítéseként készültek el a fentebb említett biztonsági értékelések, valamint a tevékenység terveit körvonalazó megvalósíthatósági tanulmány. Ezek alapján a tevékenység megkezdéséhez szükségessé vált egy tömörítő prés, forrókamra és egy hulladékválogató beszerzése. Ide sorolható az üzemi épület átalakítása és ideiglenes (5 éves) tárolóként történő engedélyeztetése, a III. és IV. sz. medencesor környezetének helyreállítása, a csapadékelvezető rendszer felújítása és a kiegészítő földtani vizsgálatok elvégzése is a biztonságnövelő intézkedések előkészítésének tekinthető.

2005-ben elkészült a „A püspökszilágyi RHFT biztonságnövelő programja, II. ütem (2006-2010)” című dokumentum, amelyet az Alappal rendelkező miniszter 2005. december 21-én hagyott jóvá, meghatározva a telep további rekonstrukciós feladatait. A program keretében üzembe helyezték a hulladékkezelési rendszer műszaki eszközeit (prés, forrókamra, válogató box) és a telephely üzemeltetési engedélyét kiterjesztették a fenti hulladékkezelési tevékenységekre is. Ugyancsak a biztonságnövelési program keretében készült el a medencebontás első (demonstrációs) fázisával összefüggő tevékenységek engedélyezési dokumentációja, melyet az illetékes hatóság jóváhagyott.