Az üzembe helyezés után azonnal megkezdődött a kiégett kazetták berakása. 1999-ben újabb négy kamrát helyeztek üzembe. A Kiégett Kazetták Átmeneti Tárolója minden egyes kamramodulja 450 kiégett fűtőanyag-köteg befogadására alkalmas. Későbbi bővítésekkel a tároló kapacitását szükség szerint 33 kamrára lehet növelni.

A KKÁT első három modulját 1999 végére kiégett üzemanyaggal feltöltötték, és megépítették a következő négy modult. Az új kamrák feltöltése 2000 februárjában elkezdődött, az RHK Kft pedig átvette a létesítmény engedélyesi szerepkörét. Felépült 2002 végére a 8-11. modul, és 2003-ban megtörtént az új kamrák üzembe helyezése, ezt követően pedig megkezdődött üzembe vételük is. A további bővítésre vonatkozó beruházási program és a vonatkozó engedélyezési tervdokumentáció elkészült. Mivel az eredeti engedélyeket az 1-11. modulra adták ki, a további bővítéshez szükségessé vált egy új engedélyezési eljárás lefolytatása.

Megtörtént az engedélyezési tervek alapján a KKÁT környezetvédelmi és telephelyengedélyének módosítása. Az illetékes hatóság kiadta a KKÁT II. ütemére vonatkozó (12-16. modul) létesítési és építési engedélyeket. Az érvényes engedélyek és a sikeres tendereztetési eljárás után 2005-ben megkezdődtek a KKÁT II. ütemének építési munkái. 2007-ben befejeződtek a KKÁT második ütem beruházási munkái és megtörtént a 12-16. modul üzembe helyezése.

2008-ban megkezdtük a létesítmény 17-20 kamráinak beruházási munkálatait.

A keleti szárny megépítése (a KKÁT III. ütem 1. fázisa) 2011-ben befejeződött. A használatbavételi és üzembe helyezési engedélyt megkapta a létesítmény, az üzemeltetési engedélyeztetés folyamatban van.

Az erőmű tervezett üzemidejét, és éves szinten keletkező kiégett üzemanyag mennyiségét, valamint a pillanatnyilag a helyszínen tárolt kiégett üzemanyag mennyiségét figyelembe véve, 2017-ig − a paksi atomerőmű tervezett (alap) üzemidejéig − összesen 25 kamra megépítésével számolunk. Az első 16 kamra 7200 db kiégett üzemanyagköteg befogadására alkalmas, a további kilenc modulban egyenként 527 db kiégett üzemanyagköteget lehet elhelyezni, így a 25 kamrás kiépítés 11943 db kiégett fűtőelem befogadását teszi lehetővé.