Miután a püspökszilágyi RHFT oly mértékű bővítése, ami az atomerőmű teljes igényét kielégítené nem lehetséges, 1993-tól útjára indult a Tárcaközi Célprojekt (később Nemzeti Projekt), melynek célkitűzése az erőművi eredetű kis és közepes aktivitású radioaktív hulladék végleges elhelyezésének megoldása lett. Ennek keretében megkezdődött a telephely-kiválasztás előkészítése.

Szakirodalmi adatok alapján az ország teljes területét áttekintették, majd az ígéretes térségekben – ahol azt a lakosság is támogatta – előzetes helyszíni kutatásokat végeztek a felszíni és felszín alatti elhelyezésre alkalmas földtani objektumok azonosítása érdekében.

1996-ban a földtani, műszaki biztonsági és gazdasági vizsgálatok záródokumentuma Üveghuta térségében javasolt további vizsgálatokat a felszín alatti, gránitban történő elhelyezésre, tartalékban tartva felszíni tároló létesítésére alkalmasnak látszó telephelyeket. Kedvezőnek minősül ez a terület abból a szempontból is, hogy az atomerőműtől nem messze, a Duna ugyanazon partján helyezkedik el. Így az OAB egyetértésével az a döntés született, hogy a részletesebb kutatások 1997-ben Üveghuta térségében kezdődjenek meg.

1998 végén, az 1997–1998-ban végzett földtudományi munkákról szóló kutatási zárójelentésben a Magyar Állami Földtani Intézet (MÁFI) javaslatot tett arra, hogy az üveghutai kutatási területen kezdődjenek meg az engedélyezést és létesítést megalapozó részletes geológiai és telephely-jellemzési munkák. A kutatási zárójelentést a programot felügyelő szakértők elfogadásra javasolták. A program ezen a ponton szakmai és politikai viták középpontjába került. Ezért az OAH kezdeményezésére a Nemzetközi Atomenergia Ügynökség szakértői felülvizsgálták a program keretében elvégzett tevékenységeket, és az addigi eredményekkel egyetértve a kutatások folytatását javasolták.

A Magyar Geológiai Szolgálat szintén szakvéleményezte az elvégzett kutatásokat, és azzal egyetértett. A kutatási eredményekre támaszkodó biztonsági elemzések igazolták, hogy a területen a tároló biztonságosan üzemeltethető.

Fentiek alapján az Alappal rendelkező miniszter 2001 májusában aláírta a négyéves kutatási programot. A kutatásokra vonatkozó szerződések előkészítése közbeszerzési eljárás keretében folytatódott. 2001 decemberében a kutatási program végrehajtására megalakult a Bátatom Kft. a legjelesebb hazai intézetek (ETV-Erőterv Rt., Mecsekérc Környezetvédelmi Rt., Golder Associates Hungary Kft.) összefogásával, és a MÁFI mint alvállalkozó támogatásával. A 2002. év során a Bátatom Kft. a kutatáshoz szükséges előkészítési munkákkal párhuzamosan összeállította a földtani kutatási tervet.

Az engedélyezett terv alapján végrehajtott földtani kutatásokról zárójelentés készült 2003. év végén, melynek fő megállapítása a következő: „A Bátaapáti (Üveghuta) telephely a rendeletben megfogalmazott valamennyi követelményt teljesíti, így földtanilag alkalmas kis és közepes aktivitású radioaktív hulladékok végleges elhelyezésére.” Ezt a dokumentumot az illetékes földtani hatóság, a Magyar Geológiai Szolgálat Dél-Dunántúli Területi Hivatala véleményezte, és határozattal elfogadta. Mivel a fellebbezési időn belül a határozat ellen kifogást nem emeltek, így az 2003. év végén jogerőre emelkedett.

2004-ben elkészült a 2007-ig érvényes föld alatti kutatás terve, amelyet a Magyar Geológiai Szolgálat Dél-Dunántúli Területi Hivatala véleményezett, majd jóváhagyott. A kutatási terv végrehajtása a tárolót befogadó kőzettérfogat kijelölésére irányult. Az Alappal rendelkező miniszter 2004. december 14-én jóváhagyta a kutatási programot, amelynek kivitelezője a közbeszerzési pályázaton kiválasztott Mecsekérc Zrt. lett.

A föld alatti kutatási munkák 2005 februárjában a lejtaknák mélyítésével megkezdődtek. Két további fontos esemény történt 2005-ben. Bátaapáti képviselőtestülete kezdeményezésére véleménynyilvánító népszavazást tartottak a községben. Magas (75%-os) részvétellel a szavazók 90,7%-a egyetértett azzal, hogy Bátaapátiban kis és közepes aktivitású hulladéktároló épüljön. A magyar Országgyűlés 2005. november 21-én az Atomtörvény 7. § (2) bekezdése alapján előzetes, elvi hozzájárulást adott a földtanilag már korábban alkalmasnak minősített területen kis és közepes aktivitású hulladéktároló létesítését előkészítő tevékenység megkezdéséhez. Az Országgyűlési határozatot a jelenlévő képviselők döntő többsége (339 fő, 96,6%) támogatta.

A 2006-os év fontos eseménye volt a bátaapáti beruházással összefüggő engedélyezési eljárások gyorsítása. A 2006. évi LIII. törvényben foglalt felhatalmazással élve a Kormány 275/2006. (XII.15.) Korm. rendeletben a fenti törvény hatálya alá tartozó kiemelt jelentőségű beruházásnak nyilvánította a Bátaapátiban létesülő hulladéktárolót.