Az NRHT létesítése során az alábbi engedélyek kiadására került sor:

• A vízjogi létesítési engedélyt 2007. május 31-én adta ki a Közép-dunántúli Környezetvédelmi, Természetvédelmi és Vízügyi Felügyelőség.
• A környezetvédelmi engedélyt első fokon 2007. május 17-én adta ki a Közép-dunántúli Környezetvédelmi, Természetvédelmi és Vízügyi Felügyelőség, de az első fokú határozatot a vonatkozó közmeghallgatáson ügyfélként bejelentkezett Magyar Energia Klub megfellebbezte, így az illetékes hatóság másod fokú eljárás keretében döntött. Ebben az eljárásban a hatóság jóváhagyta az első fokú határozatot, ami 2007. október 18-án jogerőre emelkedett.
• A jogszabályban előírtaknak megfelelően a jogerős környezetvédelmi, vízjogi és építési engedélyek birtokában az RHK Kft. 2007 novemberében benyújtotta a létesítési engedélykérelmet az Állami Népegészségügyi és Tisztiorvosi Szolgálat (ÁNTSZ) Dél-dunántúli Regionális Intézete részére. A hatóság/szakhatóságok részéről felmerült hiánypótlási igények teljesítése után a hatóság kiadta az NRHT létesítési engedélyét, mely 2008 júniusában jogerőre emelkedett.
• 2007. november 8-án került benyújtásra a Létesítést Megelőző Biztonsági Jelentés a létesítési engedélyezési eljárás megkezdéseként. 2008. szeptember 29-én az ÁNTSZ Dél-dunántúli Regionális Intézete feltételekkel megadta a Bátaapáti Nemzeti Radioaktívhulladék-tároló felszíni létesítmények üzembe helyezési engedélyét.

Az utolsó pontban hivatkozott üzembe helyezési engedélyt az ÁNTSZ Sugáregészségügyi Decentruma 2010 október 5-én meghosszabbította.

Bővebben a hatósági engedélyezési eljárásról.